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宗旨:落實政府精神醫療及長期照顧政策,提供優質的全人全程照顧
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民國 53 年
台灣省政府為加強社會福利措施,擴充貧民施醫計畫,於民國 53 年,由省政府衛生處組成專案小組,委託退輔會代為籌設精神病養護所。

民國 54 年
衛生處與退輔會簽訂醫療業務合作契約。7 月,成立省立玉里養護所籌備處。

民國 55 年
9 月 1 日,「省立玉里養護所」正式成立,隸屬台灣省衛生處。

民國 56 年
1 月,開始收容作業,此時設有病床600 床。

民國 60 年
增設義務役退伍士官兵精神病患 50 人,有安全顧慮精神病患 300人。

民國 62 年
6 月,奉准購撥東部土地開發處萬寧開發區,以作為康復期精神病患從事農、漁、牧等職能治療。

民國 63 年
先後增收小康計畫貧民精神病患600人,低收入戶精神病患200人。
民國 65 年
萬寧復健園區啟用。

民國 66 年
9 月,萬寧復健園區由行政院核定命名為「省立玉里養護所萬寧作業治療中心」。

民國 78 年
5 月,終止玉里榮民醫院代管合約,由衛生處核派專任所長,結束由玉里榮民醫院院長兼任玉里養護所所長的時代。最初由前任副所長田明輝及花蓮醫院院長王英俊代理,後由施維修代理。

民國 79 年
精神科專科醫師張堯舜接副所長,為玉里養護所專業精神醫療之始。養護所所長施維修因案停職,由副所長張堯舜代理 。9 月,實施病患功能分類,將病區分為治療與療養兩類,實施三班制。

民國 80 年
1 月,申請養護所為精神科專科醫院(結果:暫准合格為專科醫院)。
6 月,將所有原先省政府各處配賦之床位,統一由衛生處統籌規劃及運用。
12 月,由省立花蓮醫院院長鄒永宏兼代所長。

民國 81年
9 月,設置醫療藥品循環基金,開辦門診。
10 月,開放萬寧作業治療中心 210 床大樓收治一般身份病患。
11 月,萬寧農場碾米廠落成,病患食用稻米可自給自足。

民國 82年
1 月,行政院依據「六年國建計畫」及「醫療網第二期計畫」,核定「精神疾病防治工作計畫」(台82衛字第○○三四八號函),總經費23億元。

民國 83年
依據六年國家建設實施方案中之籌建醫療網計劃「加強精神疾病防治項下」之「精神疾病防治工作計畫」,玉里綜合醫療大樓、祥和、溪口復健園區陸續興建,並改建萬寧園區,預備改制為「玉里醫院」。玉里養護所評鑑成為「合格兩年專科醫院」。

民國 84年
11 月 28 日,張堯舜副院長接任院長職位。

民國 86年
通過精神專科醫院評鑑合格三年。

民國 87年
祥和園區啟用。

民國 88 年
院本部大樓啟用。升格為「精神科專科訓練醫院」。 7 月 1 日,改隸為行政院衛生署玉里醫院。

民國 89 年
萬寧園區改建工程完工。

民國 91 年
通過精神科專科教學醫院評鑑。

民國 92 年
8 月,張堯舜院長辭職,由行政副院長戴傳文代理 。
10 月 7 日,原署立桃園療養院副院長邱獻章醫師接任院長職位。

民國 93 年
溪口園區啟用,並通過精神護理之家立案。開設院本部之一般科病房。
(本簡史由陳豐偉醫師暫由部分資料整理,完整版將由院史室提供)

民國 94 年
6月,開辦萬寧門診中心,提供一般科、牙科、復健科、身心內科等醫療服務。
7月,開辦日間病房100床。
通過精神科專科教學醫院評鑑。
通過一般科地區醫院評鑑。
榮獲「第七屆行政院服務品質獎-整體獎」。
「職能治療服務」榮獲「2005國家品質標章-醫療院所類醫院特色專科組」
通過94年國科會專題計畫補助單位。

民國 95年
9月,開辦康福門診(老人門診),提供便捷貼心的服務。
新增設溪口復健園區100床。
規劃辦理「強化社區重症精神病患就醫照護計畫」,增加公務床200床。
「職能治療服務」獲國家生技醫療品質獎銅牌獎。
資訊室通過ISO/IEC27001:2005資訊安全認證

民國 96 年
新開辦「腎臟內科」及「神經內科」業務。
榮獲「世界衛生組織健康促進醫院證書」。
溪口園區精神護理之家:通過2007國家品質標章【護理照顧服務】
玉里醫院祥和社區:通過2007國家品質標章【醫療院所類】

民國 97 年
2月15日,原嘉南療養院院長張達人醫師接任院長職位。

民國 99 年
9月7日,張達人院長商調至草屯療養院;同日,桃園療養院副院長孫效儒醫師接任院長職位。
榮獲醫策會第11屆醫療品質獎(系統類機構推行組)肯定。

民國 100 年
通過「新制精神科醫院評鑑」為優等醫院。

民國 102 年
7月23日,改制為衛生福利部玉里醫院,由孫效儒醫師續任院長。

民國 108 年
9月7日,由王作仁醫師續任院長。
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